Thợ Săn Thành Phố xoay quanh về điệp viên Lee Yoo Seong và sự trả thù mà người cha của anh là Steven Lee đã nhồi vào trí não và huấn luyện anh thành một gián điệp kiêm sát thủ lấy biệt danh là Thợ săn thành phố,anh đội lốt tiến sĩ chuyên về máy tinh và công nghệ làm việc tại Nhà Xanh, ngoài ra còn có nói về chuyện tình lãng mạn của anh và nữ cảnh vệ Nhà Xanh Kim Na Na nhưng Công tố viên Kim Young Joo của phòng Công tố cũng có cảm tình với cô cảnh vệ, mọi chuyên trở nên rắc rối và thêm phức tạp khi Công tố viên Kim biết được anh là Thợ săn thành phố. Sự đối đầu của các phe chính trị ngày thêm căng thẳng.
Với sự thông minh và tài năng của mình Lee Yoo Seong đã phá được nhiều âm mưu chính trị của các phe phái. Một điều quan trọng là một thợ săn lạnh lùng nay đã rơi nước mắt vì tìm được người mẹ bị thất lạc mà cha anh nói là đã chết... Mặc dù là vậy nhưng một sự thật phũ phàng và đau đớn là Steven Lee không phải là cha đẻ mà là người bắt cóc Yoo Seong, còn người cha thật là người thứ năm trong Ngũ nhân hội - tổng thống Eun Chan.
