Phim Thiếu Lâm Tự Truyền Kỳ kể về bối cảnh loạn lạc cuối đời Tuỳ, bá quan, chư hầu nhiều nơi tự xưng vương làm vua, dẫn đến chiến tranh liên miên làm cho bá tánh chịu khổ. Trong số thời loạn lạc đó có 13 người Tùy xuất thân khác nhau nhưng đều bị thời cuộc bức hại, trải qua nhiều sóng gió gian nan, cuối cùng họ xuất gia nhưng những thế lực đen tối vẫn không buông tha.