Azumi 2 tiếp tục một thời gian ngắn sau khi kết thúc bộ phim trước đó với Aya Ueto trở lại trong vai trò tiêu đề của một sát thủ trẻ trách nhiệm theo các quốc gia rơi vào một cuộc nội chiến mới. Azumi và đồng nghiệp còn lại duy nhất của cô Nagara ( Yuma Ishigaki ) tìm thấy chính mình bị săn đuổi bởi các ninja được thuê bởi Tổng Kanbei cho các vụ ám sát họ đã thực hiện. Một trong số đó là việc giết hại ông chủ của mình. Họ giấu tạm trong một ngôi đền để Nagara có thể chữa lành vết thương của ông duy trì từ cuộc gặp gỡ gần đây của họ. Azumi đi qua một số kẻ cướp do Ginkaku, một tên cướp trẻ, những người mang một sự tương đồng nổi bật cho bạn bè Azumi của cựu (và yêu) Nachi. Sau đó, Azumi và Nagara được tìm thấy bởi các ninja làm việc cho Gessai ( Yoshio Harada ), sau khi có đơn đặt hàng sát thủ ban đầu bắt đầu nhiệm vụ của mình. Sau khi thảo luận với Gessai, Azumi và Nagara lại để tìm kiếm mục tiêu cuối cùng của họ, Sanada Masayuki (Mikijiro Hira). Nhiệm vụ của họ, họ có kèm theo một đội hình của ninja chính phủ, trong đó có một phụ nữ trẻ tên là Kozue ( Chiaki Kuriyama ).
Trong khi đó, Kanbei Inoue ( Kazuki Kitamura ) tập hợp một lực lượng lớn của những người lính đánh thuê, ninja và cướp để cố gắng trả thù cho cái chết của mình Kiyomasa Kato . Trong số đó là Ginkaku ( Shun Oguri ) và anh trai của mình, Kinkaku ( Kenichi Endou ). Azumi và những người khác bị phục kích tại một thị trấn hoang vắng, nhưng trong trận chiến cướp Ginkaku của thay đổi bên và tham gia Azumi. Azumi và những người khác sau đó trở về làng Ginkaku, nơi họ được nhìn nhận với sự chán ghét đối với nghề nghiệp của họ. Azumi bị giằng xé bởi tập tin đính kèm của mình để Ginkaku, nhưng trên thúc giục Nagara của họ tách đường.