Trong phần 2 của phim, khán giả sẽ theo dõi tiếp diễn tiến câu chuyện sau 45 ngày kể từ vụ rơi máy bay trên đảo. Phần này tập trung vào những mâu thuẫn giữa các nhân vật chính của chúng ta và những kẻ lạ mặt đã sinh sống trên hoang đảo này rất lâu. Có nhiều nhân vật mới xuất hiện bao gồm những người còn sống sót ở phần đuôi máy bay và cả những cư dân trên đảo.
Phần 2 của Lost còn hấp dẫn hơn bởi một trong những người sống sót sẽ trở thành kẻ phản bội và nguyên do của vụ tai nạn máy bay cũng được tiết lộ.Một số nhân vật trong phần 2 sẽ chết rất đáng tiếc và 1 kẻ sống ở trên hòn đảo đã trà trộn vào mọi người . Phần này còn có bí mật về chiếc hầm mà mọi người đào lên ở phần 1 và khám phá ra tất cả chuyện này từ 1 thí nghiệm khoa học của 1 tập đoàn bí ẩn nào đó .