Vũ Khí Hundred là câu chuyện bắt đầu với Hundred, vũ khí duy nhất có thể chống lại các dạng sống có tên là Savage bí ẩn tấn công trái đất. Để trở thành một Slayer (bậc thầy của nghệ thuật quân sự), phải sử dụng Hundred này. Nhân vật chính Hayato Kisarai được đào tạo tại Little Garden. Hayato cảm thấy kỳ lạ khi Emil Crossford - bạn cùng phòng của cậu đã bằng cách nào đó biết cậu từ lâu. Ngày đầu đó, ngay sau khi ông vào trường, anh được thử thách để một cuộc đấu tay đôi của Nữ hoàng (Slayer mạnh nhất của trường) Claire Harvey.
