Mười ba năm trước theo Tân Tây Lịch (Nhật: 新西暦 Shinseireki?), những máy tinh đang kiểm soát nguồn năng lượng mới phát hiện Enetron (Nhật: エネトロン Enetoron?) đã bị nhiễm virus máy tính và đã sinh ra một sinh vật năng lượng tên là Messiah, muốn kiểm soát toàn bộ loài người và tạo ra một thế giới máy móc. Dù Messiah đã bị tống vào siêu không gian, hành động của hắn đã buộc Cục Quản lý Energy lập nên Đặc Mệnh Bộ từ ba đứa trẻ sống sót sau sự cố, trở thành Go-Busters. Ngày nay, năm 2012 oNC, thuộc hạ của Messiah, bọn Vaglass, đã cố gắng đánh cắp Enetron để có thể hồi phục chủ nhân của chúng. Tuy nhiên, Go-Busters và các Buddyloid đã được triển khai để đối phó với Metaloid và Megazord của Vaglass để bảo vệ thành phố.
