Spy Kyoushitsu kể về sau một cuộc xung đột quân sự tàn khốc, các quốc gia đã tiến hành cuộc chiến trong bóng đêm. Một điệp viên dị biệt, Klaus, chưa bao giờ thất bại trong công việc bất chấp những điều kỳ quặc của bản thân. Anh ta đã bắt đầu xây dựng một đội quân để đảm nhận một Nhiệm vụ bất khả thi — với hơn 90% khả năng thất bại. Tuy nhiên, những thành viên được anh ấy lựa chọn đều là những người không có kinh nghiệm. Họ sẽ phải sử dụng mọi thủ thuật trong sách để chứng minh rằng họ hoàn thành nhiệm vụ!
