Cốt truyện xoay quanh một thanh niên tên Tendou Souji. Anh đã luyện tập suốt 7 năm trời để chờ đợi một thứ rất quan trọng. Đó là "Zecter Kabuto", một con bọ để biến hình (henshin) thành Kamen Rider Kabuto. Một sinh vật được gọi là WORMS có khả năng bắt chước một người nào đó, kể cả tính cách, thói quen và kí ức của họ. Tendou có nhiệm vụ phải tiêu diệt tất cả WORMS để bảo vệ con người. Đồng hành với anh là Kagami Arata, người sau này nhận được "Gatack Zecter" biến hình thành Kamen Rider Gatack. Cùng nhau, họ tiêu diệt tất cả các WORMS từ ngoài trái đất đến từ vụ thiên thạch rơi xuống trái đất 7 năm về trước
