Qualidea Code một thế giới nơi mà con người đang tiếp tục chiến đấu trong cuộc chiến tranh chống lại kẻ thù được gọi là UNKNOWN. UNKNOWN xâm lược một vài thập kỷ trước đây và với công nghệ hiện tại, trẻ em được đưa vào trạng thái “ngủ đông” nhằm thoát khỏi bọn xâm lược. Đây cũng là cách mà nhân loại bảo vệ những hậu duệ của mình để đòi lại tự do trong tương lai. Những đứa trẻ sau những giấc ngủ dài đã nhận thấy cơ thể mình có những biểu hiện khác thường, một năng lực siêu nhiên đã tồn tại trong bản thân họ.
