Một vụ mua bán vũ khí hóa học, dẫn đến sự dòm ngó của một tổ chức khủng bố lớn, từ đó diễn biến thành vụ bắt cóc, uy hiếp con tin ở trung tâm đại nhạc hội. Trương Gia Hiên (Huỳnh Tông Trạch đóng), Cao Tử Lạc (Ngô Trác Hy đóng) và Dư Hiểu Hân (Thái Tư Bối đóng) – những thành viên của đội Phi Hổ, vô tình bị dính líu vào vụ án. Họ cùng với Hà Gia Bảo (Trần Oánh đóng) – cảnh sát điểm O, bị nhóm khủng bố bắt giữ tại hiện trường.
Tổng chỉ huy đội Phi Hổ - Phạm Thiếu Phong (Trần Hào đóng) cùng đội trưởng đội chi viện Phi Hổ - Trương Vĩ Hoa (Trương Triệu Huy đóng) nhận lệnh lập tức hành động. Một cuộc chiến cân não giữa cảnh sát và các phần tử khủng bố bắt đầu. Nhờ trong ứng ngoại hợp, cuối cùng, Phi Hổ cũng giải trừ mối nguy, cứu con tin thành công. Thế nhưng tên chủ mưu của nhóm khủng bố tẩu thoát, còn thân phận của kẻ bán vũ khí hóa học vẫn chưa bị vạch trần, khiến Hồng Kông lâm vào cục diện vô cùng nguy hiểm. Đội Phi Hổ gấp rút luyện tập ứng phó, nhưng trong lần hành động kế tiếp, họ đã bị sập bẫy, thương vong rất lớn.
Lúc này, thành viên cũ của Phi Hổ - Triển Bác Văn (Mã Đức Chung đóng) nhận trọng trách tổng chỉ huy mới của đội, chọn lọc những tinh anh, thành lập một đội nhỏ - S Team. Đối mặt với nguy cơ trùng trùng, S Team phối hợp chặt chẽ với cảnh sát hình sự quốc tế Hứa Tuấn Phi (Miêu Kiều Vỹ đóng), cực lực ngăn chặn sự lây lan virus của vũ khí hóa học tại Hồng Kông…
