Phim Phi Brain: Kami No Puzzle Ss2 vẫn tiếp tục câu truyện về Khuyên ấn Orpheus và Phi Brain, nhưng những trận đấu thì ngày càng nóng lên. Một thế lực mới, một nhóm những thiếu niên tự xưng là Hậu Duệ Orpheus xuất hiện thách thức Kaito và những người bạn. Một cuộc chiến mới lại bắt đầu.
