Ninja Rùa 3 kể về bốn rùa đi du lịch trở lại trong thời gian tới những ngày của các samurai huyền thoại và gây chết người ở Nhật Bản cổ đại, nơi mà họ đào tạo để hoàn thiện nghệ thuật trở thành một. Loài rùa này cũng hỗ trợ một ngôi làng nhỏ trong một cuộc nổi dậy.
