Nội dung phim Naruto Shippuuden: Nhân vật chính là Uzumaki Naruto, một thiếu niên ồn ào, hiếu động, một ninja luôn muốn tìm cách khẳng định mình để được mọi người công nhận, rất muốn trở thành Hokage (Hỏa ảnh) - người lãnh đạo ninja cả làng, được tất cả mọi người kính trọng. 12 năm trước, hồ ly 9 đuôi tấn công làng ninja Mộc Diệp, Hokage Đệ Tứ đã đánh bại và phong ấn vào cậu bé Naruto.Từ đó, Naruto bị mọi người xa lánh, vậy nên cậu tìm ra cách được thừa nhận và chú ý duy nhất – qua các trò phá phách và nghịch ngợm.Câu chuyện chính bám theo sự trưởng thành và tiến bộ của Naruto và bạn cậu khi làm ninja, và nhấn mạnh mối quan hệ giữa họ và sự ảnh hưởng của quá khứ đến tính cách họ. Naruto tìm được hai người bạn đồng hành cùng là Uchiha Sasuke và Haruno Sakura, cuộc phiêu lưu bắt đầu. Mười hai năm trước khi bộ truyện này bắt đầu, con Hồ Ly Chín Đuôi đã tấn công ngôi làng ninja Mộc Diệp (Nhật: 木ノ葉隠れ Konohagakure?). Đủ sức mạnh để khiến sóng thần nổi dậy và san bằng núi non chỉ với một trong số chín cái đuôi của nó, nó đã gây nên sự hỗn loạn tột cùng và giết chóc nhiều người, cho tới khi người lãnh đạo của Mộc Diệp – ngài Hokage Đệ Tứ đã hi sinh để phong ấn con quái vật vào bên trong Naruto bằng Quỷ Tử Phong Ấn Thuật (Kin Jutsu Ogi! "Shiki Fuin" ) (Một thuật cấm phải đánh đổi bằng tính mạng)khi cậu ta mới sinh. Hokage Đệ Tứ, người được vinh danh vì đã phong ấn con yêu hồ li, mong muốn Naruto được tôn trọng vì đã là thân xác chứa đựng con quái vật. Dù vậy, làng Mộc Diệp lại xa lánh cậu ta, đối xử với Naruto như chính cậu ta là con yêu hồ và ngược đãi cậu ta trong suốt thời thơ ấu của cậu. Một quy định được ban ra từ Hokage Đệ Tam đã ngăn cấm mọi người không được bàn luận hay đề cập đến vụ tấn công của con yêu hồ với bất kì ai, thậm chí cả con cái mình. Dù sao, điều này không ngăn cản họ khỏi việc đối xử với cậu ta như một kẻ ngoài lề và vì vậy cậu lớn lên mồ côi, không có bạn bè, gia đình, hay sự thừa nhận nào. Cậu ta không thể bắt mọi người làm bạn với cậu, vậy nên cậu tìm ra cách được thừa nhận và chú ý duy nhất – qua các trò phá phách và nghịch ngợm. Tuy nhiên, điều đó đã thay đổi khi Naruto tốt nghiệp Học viện Ninja bằng cách sử dụng Thuật Ảnh Phân Thân (Kage Bushin No Jutsu) (một thuật cậu học từ một ống cuộn cấm mà cậu ta bị lừa lấy cắp) để cứu thầy giáo mình, Umino Iruka, từ tên ninja phản bội Mizuki. Vụ chạm trán đó đã cho Naruto biết 2 điều: rằng cậu là người chứa đựng con yêu hồ, và còn có người ngoài Hokage Đệ Tam thật sự quan tâm và thừa nhận cậu ta. Việc cậu tốt nghiệp từ học viện đã mở ra một cánh cửa dẫn tới những sự kiện và con người sẽ thay đổi và định nghĩa lại thế giới của cậu, trong đó có cả đạo ninja đến suốt đời của cậu.[6] Câu chuyện chính bám theo sự trưởng thành và tiến bộ của Naruto và bạn cậu khi làm ninja, và nhấn mạnh mối quan hệ giữa họ và sự ảnh hưởng của quá khứ đến tính cách họ. Naruto tìm được hai người bạn đồng hành cùng là Uchiha Sasuke và Haruno Sakura, hai ninja trẻ cùng trang lứa được chỉ định cùng với cậu ta lập thành một đội 3 người dưới sự giám sát của một giáo viên (先生 (Nhật: sensei?)) kinh nghiệm tên là Hatake Kakashi.Naruto cũng gặp gỡ nhiều nhân vật khác trong bộ truyện. Họ học các chiêu thức mới, tìm hiểu nhau và các ngôi làng khác. Trong suốt cốt truyện của Naruto, sự nhấn mạnh lên mức tiến bộ của nhân vật làm thay đổi cốt truyện, với rất ít sự kiện ngẫu nhiên. Lúc đầu, sự nhấn mạnh được đặt lên Naruto, Sasuke, và Sakura, những thành viên của Nhóm 7. Tuy vậy, những nhân vật khác dần dần phát triển, như Kakashi, Tsunade, và Jiraiya, cũng như những người cùng trang lứa với Naruto ở làng khác. Vài nhân vật ác cũng tham gia câu chuyện, đầu tiên là Momochi Zabuza, một ninja chạy trốn từ làng Sương mù, và bạn đồng hành, Haku. Về sau, trong Kỳ thi Ninja Trung Đẳng, Orochimaru, một ninja chạy trốn hạng S đứng đầu danh sách truy nã của Mộc Diệp, và cánh tay phải trung thành của hắn, Yakushi Kabuto, được giới thiệu. Trong cùng phần này, ba ninja được biết đến với cái tên Chị em Cát được giới thiệu. Những chị em này đến từ làng Cát và bao gồm Temari, Kankuro, và Gaara. Bắt đầu phần II,người bạn thân của Naruto, Uchiha Sasuke rời bỏ làng lá theo Orochimaru, Naruto quyết định đem Sasuke quay về bằng chính sức lực của mình. Câu chuyện diễn biến phức tạp từ đây,một tổ chức bí ẩn có tên Akatsuki bắt đầu truy đuổi Naruto để lấy đi con Cửu Vĩ Hồ Ly được phong ấn bên trong cậu ta. Tên nhân vật thường vay mượn từ văn hoá dân gian Nhật Bản và văn học (như cái tên vay mượn từ truyện dân gian Jiraiya Goketsu Monogatari), hay là sự chơi chữ phức tạp; thường có một sự ảnh hưởng của câu chuyện phía sau cái tên của nhân vật.
