Với việc Giáo hoàng Alexander bị đầu độc nhưng vẫn còn sống, Cesare nắm quyền kiểm soát tình hình. Anh ấy mất ít thời gian để biết rằng Della Rovere đứng sau vụ ám sát nhưng mẹ anh ấy khuyên anh ấy nên nghĩ xem họ sẽ làm gì nếu Alexander chết. Anh ấy tìm kiếm sự giúp đỡ của Hồng y Sforza trong việc tìm hiểu ai là người khao khát trở thành Giáo hoàng. Della Rovere bị bắt nhưng trốn thoát được. Anh ta cũng biết rằng có một âm mưu thứ hai, âm mưu này do Caterina Sforza và tay sai mới của cô ta bày ra. Cô ấy muốn giết tất cả Borgias. Sau khi Alexander hồi phục, anh ta không hiểu tại sao, khi sắp chết, anh ta không nhìn thấy khuôn mặt của Chúa.
