Một nghìn năm trước, hệ mặt trời của chúng ta đã bị phá hủy bởi những người ngoài hành tinh khổng lồ có khả năng biến đổi hình dạng gọi là Gauna. Loài người đã tạo ra những con tàu vũ trụ khổng lồ trước đó, mỗi người họ thực hiện hành trình tìm kiếm một hành tinh nơi họ có thể sống trong hòa bình. Câu chuyện này kể về con tàu vũ trụ tên Sidonia chiến đấu chống lại Gauna, với trọng tâm là Nagate Tanikaze, một cậu bé tuổi teen bí ẩn trở thành một trong những phi công của người máy giám hộ, và lớn lên trở thành Flying Ace được gọi là "Hiệp sĩ Sidonia".
