Kamen Rider Amazon kể về sự cố sau khi một chiếc máy bay bị rơi trong các khu rừng nhiệt đới Amazon, để lại Amazon bị mắc kẹt mà không có cha mẹ. Tuy nhiên, sự tồn tại bình dị của Amazon được cắt ngắn khi Gorgos thảm sát ngôi làng của mình và giết tất cả mọi người trừ chính mình trong tìm kiếm sức mạnh GiGi Armlet. Elder Bago, cuối cùng của người Inca, cung cấp cho các GiGi Armlet để Amazon để giữ an toàn trong khi sử dụng kiến thức của mình về khoa học minh Inca và ma thuật để thực hiện một “hoạt động” thần bí về Daisuke, chuyển anh ta vào mạnh mẽ “Kamen Rider Amazon” trước khi ông qua đời. Về đến Nhật Bản, Amazon trận Geddon mà không đủ kiến thức về lý do của họ theo đuổi anh. Kết bạn với các cháu trai và cháu gái của Giáo sư Kousaka, Amazon biết được bản chất của GiGi Armlet khi anh đánh bại Geddon và sau đó đế chế Garanda.
