Năm 2018, một cỗ máy thời gian (Time Machine) xuất hiện trước mặt Tokiwa Sougo, một học sinh trung học 18 tuổi, ước mơ trở thành một vị vua trong tương lai. Sau đó là Tsukuyomi, cô gái đến từ năm 2068, nói rằng, "Tôi đến từ năm 2068, một thế giới không có chút hy vọng nơi Oma Zi-O, một Ma vương thời gian tàn bạo trị vị". Tsukuyomi đến từ tương lai trong nỗ lực tuyệt vọng thay đổi hiện tại của chính mình. Sau đó cô cảnh báo Sougo về tương lai của cậu: "Cậu sẽ trở thành Kamen Rider Zi-O, vị vua của Thời Không và cũng là Oma Zi-O – Ma Vương sẽ thống trị thế giới." Tokiwa Sougo có số mệnh trở thành Kamen Rider Zi-O, không phải trở thành anh hùng mà là ma vương tương lai? Vận mệnh nào sẽ xảy tới cho tương lai? Đây là một câu chuyện kể về người sẽ trở thành vị vua tiếp theo, chiến đấu để cứu lấy quá khứ, hiện tại, và tương lai, băng qua Thời – Không, gặp gỡ các Kamen Rider thời Heisei suốt chiều dài lịch sử.
