Vào năm 2552, con người trên hành tinh Madrigal đã chiến đấu để giành độc lập khỏi Trái đất, nhưng một cuộc chạm trán chết người với Alien Covenant đã làm mọi thứ trở nên phức tạp. Sư trưởng John 117 và siêu chiến binh "Spartans" của mình tham gia cuộc chiến. Sau trận chiến, Master Chief đi đến hành tinh Reach quê hương của mình cùng với một người Madrigal sống sót và một vật thể bí ẩn mà anh ta phát hiện ra trên hành tinh này. Nhưng một mệnh lệnh gây tranh cãi khiến John đặt câu hỏi về sứ mệnh của mình và chính bản thân anh ta.
