Cậu Bé Biến Hình 2 Lại một nhiệm vụ bình thường như bao lần khác với bộ ba Gwen, Kevin và Ben nhưng nó đã chuyển thành bất thường khi mà một trong số những mục tiêu của họ lại chính là cô bạn thân cũ bí ẩn Elena. Cô còn cầu xin sự giúp đỡ của họ để cứu cha mình nhưng ngay sau đó đã bỏ trốn trong một vụ lộn xộn. Tiếp tục dấn thân tìm hiểu sự việc vừa xảy ra, cả nhóm phát hiện ra một âm mưu đen tối với ý định thống trị thế giới bằng thứ công nghệ tiên tiến điều khiển được con người. Và, kẻ đứng đầu bọn người ngoài hành tinh đó chính là cha của Elena.
Bất chấp mọi mối đáng ngờ và cả sự phản đối của Gwen lẫn Kevin, Ben vẫn quyết định tin và giúp Elena. Cả hai đột nhập vào căn cứ kẻ thù với hi vọng sẽ kịp ngăn cản kế hoạch điên rồ đó và tiêu diệt tất cả những kẻ có ý định chiếm lấy Trái Đất. Nhưng, có thật là mọi thứ đều đơn giản như vẻ ngoài của nó? Kẻ đứng trong bóng tối điều khiển mọi người và khơi màn mọi chuyện là ai
