Bí Ẩn Mặt Trăng là câu chuyện vào đầu những năm 70, Commander Nathan Walker, Captain Ben Anderson và Trung tá John Xám đang được giao một nhiệm vụ bí mật để mặt trăng để bảo vệ Mỹ từ Liên Xô sử dụng máy dò. Nathan và Ben đất trên mặt trăng trong các mô-đun Liberty trong khi John nằm trong quỹ đạo trong Freedom module. Họ thu thập mẫu đất đá và mang chúng đến Liberty. Họ cũng tìm thấy dấu chân và cơ thể của một phi hành gia Liên Xô trên mặt trăng. Ngay sau đó họ nghe thấy tiếng động lạ và họ thấy rằng họ không đơn độc trong các vệ tinh.
